قطعی شدن این مصوبه با انتقاد کارشناسان و صاحب‌نظران محیط‌زیست مواجه شد. در گزارشی که روی خروجی خبرگزاری مهر قرار گرفته مرتضی اسلامی، مدیر انجمن یوز پلنگ ایرانی، ضمن انتقاد از اجرایی شدن این مصوبه با ذکر 10دلیل اجرای مصوبه فوق را مغایر با معیارهای زیست‌محیطی دانسته و بر ضرورت حفاظت از این پارک ملی و عدم‌اجرای هرگونه طرح توسعه‌ای در آن تأکید کرده است. این دلایل به شرح ذیل است:
1- پارک ملی کویر یکی از زیستگاه‌های اصلی یوزپلنگ آسیایی و پلنگ ایرانی، دو گربه‌سان درحال انقراض ایران محسوب می‌شود.
۲- مطالعات نشان داده است که با وجود تعدد مناطق زیست یوزپلنگ در ایران، یوزها در اکثر این مناطق به‌دلیل وسعت اندک، شانس طولانی زندگی کردن را ندارند. تنها سه منطقه در ایران وجود دارد که قطعاً یوزها بیش از پنج‌سال در آن زندگی می‌کنند که یکی از آنها پارک ملی کویر است. وسعت بالای این منطقه به یوزپلنگ که به عرصه‌های گسترده نیاز دارد، اجازه می‌دهد بدون خطر برخورد با انسان و کشته شدن، سال‌ها به بقای خود ادامه دهد.
۳- در ایران، گونه خاصی از آهو زیست می‌کند که جبیر نامیده می‌شود و در چند منطقه محدود در مناطق بسیار خشک ایران باقیمانده است. درحال حاضر، حداقل ۳۰ تا ۴۰ درصد کل جمعیت این‌گونه در ایران در پارک ملی کویر زیست می‌کند و هیچ منطقه دیگری در ایران، چنین جمعیت پویا و زیستایی از جبیر را ندارد.
۴- پارک ملی کویر از پایین‌ترین نرخ تلفات یوزپلنگ طی دو دهه اخیر در ایران برخوردار بوده است، به‌طوری‌که هیچ گزارش رسمی دال بر کشته شدن یوزپلنگ توسط انسان در این منطقه طی دو دهه گذشته در دست نیست این درحالی است که بیش از ۲۰ یوزپلنگ تنها طی یک دهه گذشته توسط انسان در سایر مناطق کشور ازبین رفته‌اند.
۵- جایگاه پارک ملی کویر برای بقای یوز در ایران اهمیت ویژه‌ای دارد. حداقل ۲۰۰ تا ۳۰۰ کیلومتر فاصله بین پارک ملی کویر تا نزدیک‌ترین زیستگاه بعدی یوزپلنگ در ایران وجود دارد، این بدان معناست که درصورت ازبین‌رفتن این منطقه، فقط چند صدهزار هکتار از عرصه‌های زیستی یوز آسیایی از بین نخواهد رفت.
۶- درصورتی‌که سازمان حفاظت محیط‌زیست همچنان به تکثیر دو یوزپلنگ موجود در اسارت (کوشکی و دلبر) می‌اندیشد، ناگزیر باید به منطقه‌ای برای رهاسازی زاده‌های این دو یوز نیز بیندیشد که پارک ملی کویریکی از بهترین مناطق برای چنین سرمایه‌گذاری عظیمی است.
۷- پارک ملی کویر یکی از معدود مناطق ایران است که از ۱۵ عضو خانواده گربه سانان، سگ سانان و کفتارها، حداقل ۱۱ گونه در آن زیست می‌کنند که در هیچ نقطه دیگر از ایران چنین تنوع بی‌نظیری را نمی‌توان مشاهده کرد.
۸- پارک ملی کویردارای بالاترین میزان بارش سالانه در مقایسه با بخش قابل‌توجهی از زیستگاه‌های یوز در ایران است که موجب زادآوری مناسب طعمه‌ها می‌شود.
9- مناطق اکتشاف نفت در نقاط حساس منطقه و دربخش‌های داخلی واقع شده‌اند. این بدان معناست که با اجرای این پروژه، گستره‌های عظیمی از پارک دچار اختلال خواهند شد. از سوی دیگر تجربه پروژه‌های مشابه نشان داده است که دستگاه‌های متولی به سادگی سازمان حفاظت محیط‌زیست را برای ضابطه مند کردن این بهره‌برداری و به تقلیل رساندن آثار سوء این فعالیت‌ها دور خواهند زد.
از آنجایی که برنامه‌های توسعه‌ای گوناگون، مناطق حفاظت شده در ایران و سراسر دنیا را هدف قرار داده‌اند بنابراین برای حل چنین معضلاتی باید فعالان، کارشناسان و مسئولان زیست‌محیطی کشور، که از ارزش‌های اکولوژیکی پارک ملی کویر واقف هستندبا همکاری هم، فعالانه ارزش‌های این منطقه را برای سایر اقشار جامعه تبیین کرده و تلاش کنند تا این منطقه همچنان به‌عنوان یکی از کم تعارض‌ترین مناطق حفاظت شده ایران باقی بماند.
